殷仲文娶了桓温的女儿，成为桓玄的姐夫。殷仲文听到桓玄占领首都建康的消息，放弃太守官职，前去投奔。

殷仲文善机变，头脑反应极快。桓玄称帝登御座时，御座突然塌陷，众人惊慌失措，唯有殷仲文坦然说道：这是皇上（桓玄）的恩德太重，大地都不能承受。殷仲文的话，博得满堂彩，桓玄大喜，众臣叹服。

等到桓玄大势已去，殷仲文离开桓玄，带着两位晋朝皇后返回建康。殷仲文弃暗投明，又救助皇后，立下大功，被拜为尚书。

这时候，执掌东晋朝廷的是起兵勤王的刘裕、刘毅、何无忌等新贵。

殷仲文一向有才华声望，又自视甚高，总觉得自己应该执掌朝政，对仅居尚书之位非常失望，因而闷闷不乐。朝廷将殷仲文外放，担任东阳太守。殷仲文更加愤愤不平，打算就此“躺平”。

何无忌担任豫州及扬州五郡军事长官，一向仰慕殷仲文，而东阳郡正好属于五郡之一。按照礼节，殷仲文作为下属，应该去拜见何无忌。何无忌日夜盼望殷仲文前来，谨慎恭敬地准备招待。

殷仲文因为官场失意的缘故，精神恍惚，有一次虽然顺道，却没有去拜访何无忌。

何无忌勃然大怒，认为殷仲文是故意藐视自己。正巧，南燕发兵扰乱边界，何无忌写信给刘裕说：“桓胤、殷仲文是心腹之患，北方强虏，不必忧虑。”

东晋义熙三年闰二月，镇军将军刘裕的部将骆冰阴谋叛变。事情败露，刘裕斩骆冰。刘裕宣称，骆冰与殷仲文等人秘密结合，打算拥戴桓胤为盟主。于是，屠灭骆冰、殷仲文、桓胤等人全族。

殷仲文确实参与了桓玄叛乱，不仅没有被诛杀，还可以继续做官。此后，殷仲文并没有参与叛乱，却以叛乱的罪名被灭族。

殷仲文如果能以下属自居，早日去拜访何无忌，他还可以继续做官，说不定还能晋升。殷仲文却因官场失意而魂不守舍，错过拜见何无忌的机会，导致何无忌勃然大怒，将殷仲文称为心腹之患。

刘裕为替何无忌泄愤，将殷仲文、桓胤说成是骆冰的同谋，将他们灭族。

殷仲文冤枉吗？可以说冤枉，也可以说不冤枉。