塔克拉玛干沙漠产海鲜面临不少挑战。首先是用水难题，塔克拉玛干年降水量不足100毫米，蒸发量却超3000毫米。目前靠抽取地下盐碱水模拟海水环境，但地下水资源在沙漠极其珍贵。按高密度养殖模式，一亩水面一天蒸发量接近2吨水，这可能会透支脆弱的地下生态防线。
其次是成本与售价的死结。从建防渗漏鱼塘，到引入恒温设备、水循环系统，再到运输高蛋白饲料，每个环节成本都是内地沿海养殖的3 - 5倍。虽说沙漠产的海鲜品质不错，像沙漠养出的河蟹肉质紧实、蟹黄饱满，但成本这么高，要实现平价销售可太难了。 再者是物流运输障碍。塔克拉玛干沙漠地处偏远，距离主要消费市场路途遥远。海鲜产品具有易腐坏的特性，对运输的时效性要求极高。要将新鲜的海鲜从沙漠运到消费者手中，需要专业的冷链运输设备和高效的物流方案。然而，在沙漠地区建设和维护冷链运输体系的难度极大，不仅要克服恶劣的自然环境，还需承担高昂的建设和运营成本。这进一步压缩了利润空间，也限制了产品的销售范围。
最后是技术人才短缺。海鲜养殖是一门专业性很强的技术活，需要有经验丰富的专业人才来把控养殖过程中的各个环节。但在塔克拉玛干沙漠这样的艰苦地区，很难吸引到专业的水产养殖技术人才。当地缺乏相关的专业教育和培训资源，难以培养出本土的技术人才。这使得沙漠海鲜养殖在技术创新和科学管理方面面临很大的瓶颈，影响了养殖的效率和质量。尽管面临这些挑战，但人们并未放弃，仍在不断探索解决之道，期待有一天能让塔克拉玛干的海鲜走上更多人的餐桌。