东官郡辖区为今广东中东部的深圳、东莞、惠州、河源、梅州、潮州、汕头、揭阳、汕尾等地级市全境，增城、从化、新丰、翁源四个县域，以及中山、珠海的部分地区，还有香港特别行政区、澳门特别行政区和福建一些地方。

秦始皇三十三年（前214年），秦始皇统一岭南，设立南海、桂林、象三郡，其中南海郡治在今广东广州，下设有龙川县、博罗县、番禺县、四会县。东官郡范围主要源于龙川县、博罗县。

 秦末诸侯叛秦，公元前204年，南海郡尉赵佗割据岭南三郡，自立为南越王。

西汉汉武帝平定南越后，建立汉十三州之一的交州，又增设揭阳县、中宿县。

东汉建安六年（201年），划番禺、博罗两县地置增城县。

 东晋咸和元年（326年）：析南海郡东部置东官郡，最初郡治设在今深圳市南山区南头古城。
东晋咸和六年（331年）：将南海郡一分为二，划出南海郡的南部和东部正式设立东官郡，郡名取自汉盐官“东官”之名，当时南头一地尚有东官盐场。东官郡管辖宝安、兴宁、海丰、海阳、绥安、海宁六个县。
同一年，原揭阳县拆为海阳县（今潮州市）、潮阳县、海宁县（今惠来县）、绥安县（今云霄县）等四个县；从博罗县析出宝安县、海丰县、安怀县（今惠东县梁化镇）；从龙川县析出兴宁县。宝安辖今东莞、深圳大部、香港、澳门、中山和珠海大部分，地跨珠江口两岸，作为东官郡的首县，宝安县城南头同时也承担了郡治功能。东晋安帝义熙九年（413年）东官郡东部析出设义安郡，治所在海阳县（潮州市），增设义招县（今属梅州市）。

 南朝齐时期：将安怀县改名怀安县，东官郡治迁往怀安县（今惠东梁化镇）。
 永明元年（483年）：析义招县置程乡县（今梅州）。

隋开皇十年（590年），废东官郡，原东官郡所辖之县包括宝安县在内，改属南海郡，结束了设置历时259年之久的东官郡。隋文帝开皇十一年（591年），东官郡与梁化郡等并置为循州，海丰县改属循州。