1861年11月2日夜，肃顺在密云行馆被秘密逮捕。被捕时，肃顺被捆绑住双手双脚如同犬马一样，其咆哮大骂，但于事无补。
1861年11月2日的那个深夜，密云的冷风嗖嗖地刮着，对于当朝权臣、协办大学士肃顺来说，这是他人生中最后一个，也是最屈辱的一个夜晚。
此时的肃顺，正躺在密云行馆的床榻上。作为“顾命八大臣”之首，他刚刚完成了一项极其沉重的任务——护送咸丰皇帝的灵柩回京。为了显示对先皇的忠诚，他主动要求走在最后，押运灵柩。而他万万没想到，正是这个“忠臣”的举动，给了他那几个政治对手致命一击的时间差。
半夜时分，行馆的寂静被急促的马蹄声和甲胄摩擦声彻底粉碎。带队的人叫奕𫍽，是咸丰的亲弟弟，后来的醇亲王。他带着精锐骑兵，手持慈安、慈禧两宫太后的密旨，直扑肃顺的卧室。
肃顺是在睡梦中被惊醒的。还没等他看清眼前的景象，几个身强力壮的士兵已经扑了上来。史料记载，当时的抓捕动作非常粗暴，为了防止这位曾经叱咤风云的大员反抗或自尽，士兵们直接用绳索将他的双手双脚死死捆绑。
那个场面，完全没有了所谓的“大臣体面”。肃顺被捆得像一只准备献祭的犬马，横躺在冰冷的地板上。这位平日里性格刚毅、眼高于顶的旗人贵族，显然被这突如其来的变故激怒了。他在黑暗中疯狂地扭动身体，喉咙里发出困兽般的咆哮大骂。
他骂的是什么？虽然史书没有记下每一句脏话，但他的核心控诉只有一个：“悔不早治此贱婢！”这里的“贱婢”，指的就是后来统治中国半个世纪的慈禧太后。可惜，此时的咒骂除了宣泄愤怒，再无半分杀伤力。
如果抛开成王败寇的偏见，客观地看，肃顺绝对是清朝晚期的一位怪杰。
他不像一般的满洲贵族那样只会遛鸟喝茶，他是个实干派。在咸丰年间，他干了三件惊天动地的大事：
整肃贪腐：他主导了“戊午科场案”和“户部宝钞案”，直接把当时的军机大臣柏葰送上了断头台。这在清朝历史上是非常罕见的，这种铁腕手段让他得罪了整个官僚集团。
重用汉臣：肃顺有一个非常超前的观点——他极度看不起那些庸碌的满人。他曾公开说：“咱们旗人没人才，得靠汉人。”正是他的极力保荐和信任，曾国藩、左宗棠这些汉臣才得以在大乱之世崛起。
排斥外戚与皇弟：他把持朝政，极力排挤恭亲王奕䜣，同时也对咸丰身边的那些妃子防范极严。
说白了，肃顺想做的是一个“孤臣”，一个撑起大清摇摇欲坠屋顶的强人。但他犯了政治上的大忌：他把路走得太窄了。他得罪了皇亲国戚（奕䜣）、得罪了皇帝的女人、还得罪了那些保守派官员。
肃顺的失败，归根结底在于他对人性的判断失误。他以为手里握着咸丰皇帝的遗诏，自己就是正统的化身。他觉得慈禧不过是个“头发长见识短”的小女人，觉得奕䜣不过是个被边缘化的失意者。
傲慢，是通往黄泉路最好的路费。
在护送灵柩回京的路上，他为了摆排场、守规矩，走得慢悠悠。而慈禧和慈安却带着小皇帝载淳，借口“路途劳累”先行回京。这一快一慢之间，北京城的政治天平已经发生了不可逆转的倾斜。
当慈禧回到北京，第一时间就与留守的恭亲王奕䜣接上了头。双方一拍即合：八大臣想独揽大权，那是“乱臣贼子”；太后垂帘听政、亲王辅政，这叫“恢复祖制”。名义上，他们是为大清江山着想；实际上，这是一场为了生存而发动的绝地反击。
11月2日被捕后，肃顺被秘密押往北京。
进城的那天，并没有什么“十里长街送忠臣”的戏码，有的只是老百姓的围观和政敌的冷眼。没过几天，朝廷的判决就下来了：载垣、端华（另外两位顾命大臣）被赐白绫自尽，给个全尸。而对于首犯肃顺，慈禧没有半点宽容，直接判处——斩立决。
在菜市口刑场上，肃顺依然保持了他那种近乎偏执的强硬。他拒绝下跪，甚至对着监斩的官员破口大骂。随着刽子手的大刀落下，一个试图通过行政效率和强权挽救王朝的人，就这样退出了历史舞台。