当年在拍摄《新白娘子传奇》时，赵雅芝是拒绝出演的，剧组为了寻找最合适的白娘子，连夜去香港邀请赵雅芝，但都被她婉拒了。当时38岁的赵雅芝刚凭《戏说乾隆》转型成功，对剧本要求非常谨慎，加上担心自己的普通话不好，所以不想参演，后来制作组找好了配音师，并反复沟通，她才勉强答应。
剧组在敲定白娘子后，一直找不到气质温文尔雅、略带迂腐书生气的男演员来演许仙。导演夏祖辉决定采用女演员反串，他最初属意的是林青霞，但因档期和片酬问题未能合作。后来在《碧海青天》中发现了叶童，觉得她的女扮男装与许仙的人设极其吻合，这才有了“叶童之后，再无许仙”的经典。
这部剧最初只计划拍30集，原定结局是白素贞被“永镇雷峰塔”。但因为播出后热度太高，电视台要求追加20集。剧组只能边写边拍，后期甚至出现了编剧每一天写一集、写完就传真到片场、剧组直接拿剧本开拍的极限操作。
全剧前后经历了5位编剧贡敏、赵文川、方桂兰、何麒、夏祖辉等人的接力创作。前8集的框架搭建者贡敏原本设定的结局是悲剧，后来为了凑满50集的大团圆，白蛇出塔的戏份其实是后期在棚内补拍的，与最初在南京鸡鸣寺拍摄“拜塔”的初衷并不一致。
由于台湾缺乏合适的古装取景地，剧组决定前往内地。但经费和时间极其有限，必须在两个星期内完成杭州、南京、镇江、苏州等地的所有外景拍摄。为了避开游客聚集，西湖断桥等关键地点的戏份必须“一次过”，紧张到连背景里的电线杆都来不及处理。此外，剧中还能看到寺庙里的玻璃船、房间内的电灯泡等穿帮画面。白娘子从蛇幻化成人的经典镜头，其实因为第一次拍摄效果不理想，剧组专门研究了一下午新的特效方案，让赵雅芝在干冰烟雾里重新吊了一次钢丝才完成。为了追求真实感，制作人起初想找真蛇拍摄，但担心女性观众会觉得恶心。最终，剧组特地定制了一条道具蛇来配合拍摄，专门用来呈现白娘子的原形。
由于赵雅芝、叶童、陈美琪三位主演都不是戏曲演员。为了演好剧中的身段和唱腔，剧组特地请来了台湾资深的戏曲家万裕民进棚指导。经过专业老师的耐心教导，三位主演才呈现出了剧中那些有模有样的戏曲身段。